באר שבע מוזכרת כמה פעמים בתנ"ך, כאשר ההתייחסויות הראשונות קשורות לכריתת הברית בין אברהם לבין אבימלך מלך גרר, לאחר שהוא לקח בתום לב את שרה אשת אברהם, ולאחר פרשת בארות המים. האזכור הבא של באר שבע מופיע בפרשת תולדות לאחר שיצחק כורת ברית עם אבימלך. מאוחר יותר נכתב שהעיר הייתה בנחלתו של שבט שמעון, שהייתה בתוך הנחלה של שבט יהודה.

בגן הלאומי תל- באר שבע התגלו גם שרידים מן התקופה ההלניסטית, מימי הורדוס ומן התקופה הרומית.

מלחמת העולם הראשונה סייעה מאוד לבאר שבע, שהייתה למרכז אספקה לצבא התורכי. כחלק מהצורך בניוד לוגיסטיקה לקו הגבול, הוקם, בשנת 1915, קו רכבת לסיני, ולשם כך נבנה גשר מעל נחל באר שבע. המסילה שימשה רק שנה אחת ולאחר הכיבוש הבריטי קו הרכבת בוטל. שרידים נוספים של המסילה נשמרו בדרך לניצנה ובשמורת פורה.